Analisis Tinja Metagenomik untuk Kesehatan Usus yang Optimal

Tahukah Anda bahwa analisis tinja dapat memprediksi lebih dari sekadar kesehatan usus Anda saat ini? Saya senang bisa berbicara dengan Profesor Philip Hugenholtz. Ia telah menjadi ahli mikrobiologi selama 30 tahun. Ia adalah salah satu pendiri perusahaan bernama " Microba . " Baca terus untuk mempelajari tentang bagaimana tes ini dapat membantu memprediksi penyakit di masa mendatang, mengapa profil kesehatan yang dipersonalisasi adalah tren masa depan, dan mengapa setiap orang harus menjalani analisis tinja (Petunjuk: Kesehatan Usus bukanlah pendekatan yang sama untuk semua orang, tubuh Anda mungkin mendapat manfaat lebih banyak dari cokelat daripada pisang!)

Apa yang Membuat Anda Tertarik pada Pengurutan DNA?

Saya selalu tertarik pada evolusi dan ekologi mikroba. Saya selalu terpesona oleh konsep skala. Saya selalu berpikir tentang ukuran Alam Semesta dan betapa luasnya alam semesta itu dan saya terus mempelajari skala-skala tersebut dari kedua arah. Ketika saya berusia 10 tahun, di kelas sains, saya melihat melalui mikroskop dan mengamati serangga-serangga kecil yang ada di air danau. Sungguh menakjubkan melihat seluruh dunia mikroorganisme yang belum pernah terlihat. Itulah yang memunculkan minat saya pada mikroorganisme.

Ketika saya kuliah, saya mempelajari Mikrobiologi dan saya sangat suka menggunakan mikroskop dan mengamati organisme. Dulu (akhir tahun 80-an) kami mencoba mengkarakterisasi organisme dengan menaruhnya di cawan petri dan mengamati sifat-sifatnya seperti:

-Seberapa besar mereka

-Pigmen apa yang mereka hasilkan?

-Bisakah mereka menggunakan oksigen atau tidak harus menggunakan oksigen

Masalahnya adalah Anda tidak dapat mengklasifikasikan mikroorganisme dengan baik pada saat itu dengan karakteristik tersebut karena karakteristik tersebut terlalu sederhana. Saya beruntung berada di departemen mikrobiologi di Universitas Queensland saat itu. Seorang profesor Jerman datang untuk memimpin departemen tersebut dan bersamanya, ia membawa teknologi pengurutan yang berbeda. Anda sekarang dapat menghubungkan organisme satu sama lain bukan dari penampilannya tetapi dengan melihat gen dan cetak birunya. Saya suka teka-teki dan saya mulai melihat urutan DNA seperti satu teka-teki jigsaw raksasa. Sejak saat itu saya menjadi penggemar pengurutan dan apa yang dapat diceritakannya kepada kita tentang makhluk hidup.

Bagaimana Evolusi Penemuan Mikroba?

Memecahnya secara sederhana dengan masing-masing ilmuwan adalah cara termudah untuk memahami evolusi mikroba:

Antoni Van Leeuwenhoek: Menemukan Mikroba. Ia membuat lensa yang dapat melihat mikroba. Sebelumnya, mereka menggiling lensa. Ia menemukan cara untuk memanaskannya dan membuat lensa sempurna yang dapat dilihat dengan mudah melalui mikroskop. Ia tidak memberi tahu siapa pun tentang hal ini selama beberapa dekade. Mikroorganisme pertama yang ia lihat adalah bakteri di mulutnya sendiri.

Robert Koch: Ia menemukan media padat pertama yang memungkinkan organisme ini tumbuh. Ini memungkinkan kita untuk membawanya ke tingkat yang lebih tinggi dan dapat berinteraksi dengan mereka.

Carl Woese: Memahami struktur pohon kehidupan. Ia adalah seorang ahli mikrobiologi Amerika yang terkenal karena melengkapi urutan pertama gen penanda. Bayangkan gen penanda seperti kode batang di supermarket. Anda mengurutkan gen individual dan menghubungkannya dengan gen lain untuk melihat bagaimana organisme saling terkait. Pada tahun 1970-an, ia membaca sebuah makalah yang ditulis oleh ilmuwan lain pada tahun 1960-an yang mengatakan bahwa kita mungkin dapat menghubungkan organisme satu sama lain dengan melihat DNA mereka. Ia mengambil makalah itu dan mengembangkannya serta memfokuskan penelitiannya pada gen tertentu dalam ribosom. Protein ribosom merupakan pembangkit tenaga listrik dalam sel kita dan jumlahnya sangat banyak.

Ia beralasan bahwa jika Anda menyimpan sebagian ribosom tersebut, Anda dapat menggunakannya sebagai cara untuk menghubungkan organisme satu sama lain. Bagian ribosom yang menjadi fokusnya adalah gen 16s rRNA. Ia kemudian menghasilkan pohon kehidupan 16s rRNA pertama dan temuan besarnya adalah bahwa semua mikroorganisme yang dikelompokkan oleh manusia sebenarnya membentuk dua kelompok yang sangat berbeda:

Bakteri

Arkea

30 tahun kemudian tampaknya kita mungkin telah bangkit dari Archaea ini, keturunan langsung kita!

Norm Pace: Menerapkan gen 16s untuk mengkarakterisasi keragaman kultur. Ia adalah kolega Carl Woese. Ia sangat menyadari temuan gen 16s rRNA dan ia tertarik untuk menerapkannya pada berbagai ekosistem seperti di Taman Nasional Yellowstone. Ia sangat tertarik pada organisme yang dapat tumbuh dalam air mendidih. Ia mencoba menumbuhkannya sehingga ia dapat memperoleh gen-gen ini. Ia tidak begitu beruntung saat menyadari bahwa ia perlu langsung ke sumbernya. Ini adalah awal dari pendekatan yang tidak bergantung pada kultur ini.

Hal ini penting karena merupakan trik bagi organisme untuk tumbuh di atas piring. Ternyata sebagian kecil mikroorganisme di lingkungan dapat tumbuh seperti itu. Di sumber air panas, kurang dari 1/1000 organisme dapat tumbuh dalam kultur! Hal ini membuka pintu untuk melihat semua keanekaragaman yang belum pernah dieksplorasi sebelumnya karena kita belum dapat menumbuhkannya di atas piring. Ia mengkarakterisasi organisme tersebut menggunakan gen 16s rRNA.

Craig Venter: Membawanya ke tingkat berikutnya dan alih-alih mengamati 1 gen, ia mengamati semua gen. Ia menerapkan genomik itu pada sampel lingkungan yang ditunjukkan Norm Pace kepadanya. Inilah yang kemudian dikenal sebagai Metagenomik . Ia adalah orang yang dikenal sebagai pelopor urutan pertama genom manusia. Ia juga menerapkannya pada mikroorganisme dan komunitas.

Hal ini memberi kami kemampuan untuk masuk ke lingkungan apa pun, baik itu:

-Mata air panas

-Tanah

-Sampel tinja

Lalu mengekstrak DNA tersebut dari lingkungan, mengurutkan genom organisme yang ada di sana, lalu menyatukannya kembali. Sekarang kita memiliki cetak biru untuk semua organisme. Hal ini juga didorong oleh peningkatan besar dalam teknologi pengurutan. Selama para ilmuwan ini aktif, mereka menggunakan teknologi pengurutan generasi pertama (pengurutan Sanger). Pengurutan generasi berikutnya muncul pada pertengahan tahun 2000-an dan ini bermanfaat karena:

-Anda bisa mengurutkan lebih banyak lagi

-Lebih murah

-Ini membuka pintu bagi lebih banyak orang untuk mengaksesnya

Hal itu juga diikuti dengan kecepatan pemrosesan komputer yang terus berkembang. Sebagai contoh:

Studi genomik pertama (baru dimulai pada tahun 2004) disponsori oleh Departemen Energi. Biayanya sekitar setengah juta dolar pada masa itu, dengan menggunakan mesin masa kini Anda dapat memproses jumlah DNA yang sama hanya dengan beberapa dolar!

Kita sedang menjalani periode waktu dalam ilmu hayati di mana kita memiliki perangkat baru yang dapat kita gunakan untuk mengajukan pertanyaan ekologis dan evolusi. Hal itu didorong oleh teknologi pengurutan. Kebanyakan orang menyadari bahwa genom manusia sedang diurutkan dan itu merupakan tonggak penting bagi kita sebagai spesies. Pengurutan adalah menentukan urutan basa atau huruf dalam genom Anda untuk mendapatkan akses ke cetak biru Anda. Ini memberi tahu Anda apa yang mampu dilakukan suatu organisme. Mikroorganisme merupakan penerima manfaat dari teknologi yang lebih baik ini karena jauh lebih mudah untuk mengurutkan cetak biru mikroorganisme daripada kita. Bagaimanapun, genom seribu kali lebih kecil!

Apa itu Green Genes?

Green Genes adalah basis data gen rRNA 16s yang menggunakan gen penanda tersebut untuk mengklasifikasikan organisme. TETAPI sekarang sudah tidak ada lagi karena tidak ada yang memeliharanya lagi.

“Ubiome” telah menawarkan profil komunitas mikrobioma usus Anda dengan menggunakan gen 16s rRNA tersebut. Ini akan memberi Anda indikasi tentang apa yang ada dalam sampel yang diberikan dan di situlah gen hijau berperan karena Anda memerlukan basis data untuk melihat apa yang ada saat Anda menarik sekuens 16s rRNA.

Terkait dengan perusahaan kami, "Microba" , alih-alih hanya menggunakan gen 16s, kami dapat menggunakan shotgun sequencing untuk mengkarakterisasi komunitas. Setelah Anda melampaui gen penanda 16s tunggal, gen tersebut memberi tahu Anda siapa yang ada di sana tetapi JUGA apa yang dapat mereka lakukan! Metagenomik dimulai pada tahun 2004 dan benar-benar berkembang pesat dalam 5 tahun terakhir. Metagenomik baru-baru ini ditawarkan kepada pelanggan ketika biaya sequencing turun. Setelah biaya turun, perusahaan kami Microba dikembangkan.

Kami melihat potensi pengurutan mikrobioma usus karena merupakan faktor yang SANGAT penting dalam kesehatan dan penyakit. Kami dapat menggunakan metagenomik, memperluasnya, dan menggunakannya untuk ribuan individu guna membuat basis data. Kami membuat basis data ini untuk mulai melihat pola, melihat organisme mana yang penting untuk keadaan tertentu, dan apa fungsi yang penting bagi populasi tersebut.

Apa Keterbatasan Gen 16s rRNA?

Alasan mengapa Carl Woese memilih gen ini adalah karena gen ini sangat lestari. Anda memerlukan sesuatu yang benar-benar lestari jika Anda ingin menghubungkan semua organisme dalam satu pohon. Konservasi yang berlebihan ini merugikan Anda ketika Anda ingin mempelajari hal-hal yang berkerabat dekat. Dengan 16, kita tidak dapat dibedakan dari primata lainnya. Gen ini berubah pada tingkat yang sangat lambat sehingga tidak ada cukup perbedaan untuk membedakan antara hal-hal yang berkerabat dekat. Dalam banyak kasus, Anda dapat membedakannya dengan berbagai jenis spesies.

Sebagai perbandingan, jika Anda menggunakan seluruh genom seperti dalam metagenomik, Anda sekarang memiliki resolusi yang hebat. Melewati tingkat spesies ke tingkat subspesies dan galur. Di tengah gen 16s dan gen ribosomal lainnya, Anda memiliki gen ITS ( pengatur jarak transkripsi internal). Gen ini kurang terkonservasi daripada gen 16s dan beberapa orang telah menggunakannya karena memiliki resolusi yang lebih tinggi daripada gen 16s. Gen ini digunakan dalam klasifikasi jamur, tetapi jika Anda dapat melampaui seluruh genom, maka Anda akan kehabisan bahan bakar. Di sinilah kita sekarang, menggunakan seluruh genom untuk mendapatkan resolusi klasifikasi tingkat tinggi dan mampu mengetahui apa yang dapat dilakukan organisme.

Anda beralih dari foto mikrobioma beresolusi rendah untuk mendapatkan wawasan ke foto beresolusi lebih tinggi yang mencakup hal-hal lain seperti virus dan parasit juga. -Kriben Govender

Cara Anda mencari gen 16s adalah Anda menggunakan PCR (Polymerase Chain Reaction) yang bergantung pada kemampuan untuk menargetkan gen tersebut. Jika organisme tidak mengandung gen tersebut maka Anda tidak dapat menargetkannya. Misalnya: Virus tidak memiliki ribosom sehingga tidak ada gen 16s untuk ditargetkan. Profil 16s tidak dapat memberi tahu Anda virus mana yang ada TETAPI metagenomik dapat . Selain itu, Anda bergantung pada spesifisitas primer. Primer ini mungkin melewatkan semua protozoa dan hal-hal lainnya. Itu adalah keuntungan lain dari metagenomik karena memberi Anda pandangan tentang semua bentuk kehidupan lain yang mungkin terlewatkan oleh gen 16s.

Anda dapat membayangkannya seperti ini: Bayangkan kualitas TV pada tahun 1960-an dibandingkan dengan gambar definisi tinggi yang Anda dapatkan sekarang. Ini seperti beralih dari 16s ke Whole Genomes.

Seperti Apa Proses Metagenomik Itu?

Bahasa Indonesia: Anda pertama-tama mengekstrak DNA dari sampel dan kemudian Anda mengurutkan semuanya. Itu disebut shotgun sequencing . Ini pertama kali ditunjukkan pada Haemophilus influenzae . Anda mengiris genom dan Anda mengurutkannya dalam potongan-potongan pendek. Kami belum memiliki teknologi pengurutan yang dapat mengurutkan seluruh genom. Pikirkan ini sebagai potongan-potongan puzzle. Anda memiliki semua potongan ini dan menyatukannya kembali untuk mendapatkan gambar pada kotak dan itulah genom Anda. Jika Anda memiliki isolat seperti Haemophilus influenzae , Anda hanya memiliki 1 puzzle. Dengan Metagenomik, Anda melihat komunitas organisme atau mikrobioma. Ini seperti jika seseorang mendapat 500 puzzle, mengambil setiap bagian dari kotak yang berbeda, dan memasukkan semuanya ke dalam satu kotak dan berkata kumpulkan ini kembali, Metagenomik seperti membuat 500 puzzle secara paralel. Ini terdengar rumit tetapi teknologinya berkembang pesat, termasuk cara kita memproses data, sehingga kita dapat menghasilkan genom yang cukup lengkap.

Kami kini menarik genom-genom ini dengan kecepatan yang mencengangkan. Sampel tinja manusia adalah contoh utama dari proses ini. Dalam 2 tahun terakhir, telah ada 3 penelitian besar dan dalam penelitian terakhir mereka menarik 160.000 MAG (genom yang dirakit dari metagenom) dari kumpulan data! Genom-genom tersebut adalah basis data referensi kami dan kini kami memiliki basis data yang didasarkan pada genom, bukan 16 seperti Green Genes.

Kami memiliki basis data yang kami kembangkan di University of Queensland yang disebut GTDB yang merupakan singkatan dari Genome Taxonomy Database. Siapa pun di dunia dapat membawa genom mereka dan membandingkannya dengan basis data referensi ini untuk kemudian mengetahui organisme apa itu. Itulah yang digunakan oleh perusahaan kami, Microba . Misalnya : Kami mengambil sampel dari Anda, kami mengurutkan 7 juta pembacaan (urutan pasangan basa yang sesuai dengan semua atau sebagian dari satu fragmen DNA), kemudian kami mengambil semua itu dan mencocokkannya dengan basis data referensi dan itu memberi kami profil beresolusi tinggi yang bagus dari organisme yang ada di usus Anda.

Sangat menarik untuk melihat ke mana arah teknologi ini dan apa yang dapat kami tawarkan bagi orang-orang yang menderita berbagai macam hal. -Kriben Govender

Apa Masa Depan Analisis Kesehatan Usus?

Kami telah mengurutkan lebih dari 5.000 mikrobioma usus dari masyarakat Australia. Kami bertanya kepada mereka apakah mereka ingin ikut serta sehingga profil ini dapat dibandingkan dengan basis data untuk menganalisisnya dan mencari polanya. 75% orang telah ikut serta karena sebagian besar orang menghargai bahwa ini membantu upaya ilmiah. Kami telah mampu menganalisis data ini dan kami telah menemukan korelasi yang menakjubkan:

-Kita dapat memprediksi Penyakit Radang Usus dengan akurasi 97% berdasarkan profil ini

-Kami dapat mengidentifikasi jenis IBD itu, apakah itu penyakit Crohn atau Kolitis Ulseratif, dengan akurasi 97%.

Ketika dokter spesialis gastroenterologi Anda mencoba mengobati kondisi ini, mereka memiliki beberapa perawatan yang dapat mereka gunakan. NAMUN, efisiensinya biasanya bergantung pada pasien. Anda mungkin berkata, "coba perawatan ini" dan hanya 1 dari 5 orang yang mungkin melihat peningkatan. Kami tidak hanya dapat memprediksi perkembangan IBD, tetapi kami juga dapat memprediksi respons Anda terhadap perawatan tertentu hanya melalui uji tinja mikrobioma usus Anda! Kami melihat sinyal statistik yang kuat untuk kondisi apa pun yang kami lihat…..

-Kita dapat melihat populasi mikroba tertentu yang meningkat ketika berhadapan dengan orang yang mengalami depresi

-Orang yang memiliki kecenderungan terhadap berbagai jenis kanker

Setiap kondisi, Anda akan melihat sinyal dalam mikrobioma usus. Mikrobioma usus adalah bagian dari kita dan telah berevolusi bersama kita. Mikrobioma ini memainkan peran penting dalam kesehatan kita . Dan ketika keadaan tidak beres, terjadi perubahan dalam mikrobioma usus yang memperburuk masalah. Kesehatan usus Anda adalah salah satu hal pertama yang bereaksi terhadap perubahan yang terjadi pada kesehatan Anda. Mikrobioma ini dapat digunakan sebagai peringatan dini akan hal-hal yang akan datang.

Itulah sebabnya saat ini ada begitu banyak penelitian yang difokuskan pada hal tersebut. Anda melihat ratusan makalah yang diterbitkan setiap bulan mengenai kesehatan usus. Kami memiliki potensi yang sangat besar untuk dapat menggunakan informasi ini untuk memandu pengobatan berbagai penyakit. Informasi ini akan memberi tahu Anda sebelumnya bahwa Anda mungkin akan terserang penyakit. Ini adalah teknologi yang sangat baru sehingga otoritas regulasi baru saja memahami hal ini. Kami harus berhati-hati tentang apa yang kami katakan tentang diagnostik TETAPI saya dapat memberi tahu Anda bahwa bagian penelitian di perusahaan kami melihat korelasi yang sangat kuat dan signifikan secara statistik yang kami tahu akan sangat berguna untuk diagnostik. 

Di masa mendatang, saat Anda mendiagnosis suatu masalah, Anda juga akan mengetahui organisme mana yang tidak ada atau berkurang dan perlu ada. Jika organisme tertentu tidak seharusnya ada, Anda dapat merancang beberapa terapi berdasarkan hal ini. Kami melihat kelompok yang sehat, yang berjumlah 8% dari total profil, mereka dicirikan oleh beberapa populasi mikroba yang diperkaya dalam kelompok yang sehat dibandingkan dengan yang lainnya. Kami dapat mulai berpikir tentang apakah kami dapat memperoleh populasi ini dalam kultur, mereka akan menjadi probiotik yang Anda temukan pada manusia yang sehat, dan mereka dapat membantu orang lain.

Mayoritas organisme belum dikulturkan. Lebih mudah membudidayakan mikroorganisme usus daripada yang ada di sumber air panas, tetapi sekitar 30% spesies di usus manusia rata-rata telah dikulturkan. Itu berarti 70% belum! Kami menemukan bahwa banyak populasi yang ada pada orang sehat belum pernah dikulturkan sebelumnya. Kami menghabiskan waktu untuk mencoba mengisolasi mereka dan karena kami memiliki cetak biru genetik mereka, kami dapat menggunakannya untuk menghasilkan upaya isolasi. Potensinya sangat besar.

Seperti Apa Mikrobioma Usus yang Sehat?

Bagi warga Australia, kami mendasarkan usus sehat ini pada survei yang mengamati orang-orang dengan gaya hidup sehat. Ini termasuk orang-orang yang tidak mengonsumsi obat-obatan dan yang tidak melaporkan mengidap penyakit. Kami menggunakan ini sebagai standar mikrobioma yang sehat. Kami menemukan populasi tertentu yang terdapat pada orang-orang dengan mikrobioma usus yang sehat. Kami memberi peringkat orang-orang menurut profil kesehatan ini dan kami menemukan seorang wanita yang merupakan lambang kesehatan. Dia berusia 70 tahun, tidak mengonsumsi obat-obatan, mengonsumsi makanan berserat tinggi selama bertahun-tahun, dan dia akan menjadi apa yang saya sebut sebagai puncak mikrobioma usus yang sehat. Kami menggunakan jenis-jenis mikrobioma ini untuk menetapkan standar tersebut.

Semua bakteri ini merupakan definisi tingkat spesies dari pola makan sehat. Kami sedang dalam proses untuk membahas subspesies karena saya yakin informasi yang lebih penting akan ada di tingkat tersebut. Sebagian besar spesies ini belum memiliki nama karena belum pernah dikulturkan! Salah satu yang terbaik untuk mikrobioma usus yang sehat adalah:

Bakteri Faecalibacterium prausnitzii

Bila Anda melihat ke tingkat genom, spesies ini terdiri dari 7-8 spesies, bukan hanya satu! Salah satu spesies tersebut membawa gen yang mengandung efek antiperadangan. Banyak masalah kesehatan yang berpusat di sekitar peradangan. Bila ada yang tidak beres dalam tubuh, hal itu dikaitkan dengan peradangan . Organisme yang memiliki sifat antiperadangan alami dikaitkan dengan mikrobioma yang sehat. Saat kita mengidentifikasi spesies, kita juga mencoba mencari tahu "apa yang ada pada organisme ini yang menjadikannya bagian dari mikrobioma yang sehat atau bagian dari mikrobioma disbiotik (tidak sehat)."

TETAPI setiap usus individu itu unik. Jika Anda melihatnya dari pendekatan forensik, jika setiap orang memiliki profil feses, Anda akan tahu siapa yang pernah ke mana karena profil itu spesifik. Profil itu dapat berubah seiring waktu, tetapi profil itu unik. Ketika Anda mengamati ribuan individu, Anda akan melihat sinyal-sinyal itu. Itu mengarah pada beberapa spesies. Mengenai IBD, kami menemukan 20 spesies yang menjadi ciri khasnya!

Terdapat banyak individualisme dalam setiap mikrobioma usus. Jadi, ini merupakan ekosistem yang kompleks karena:

-Anda memiliki sistem kekebalan tambahan

-500-1000 spesies di usus Anda

-Memberikan sinyal antara usus dan diri kita sendiri.

Meskipun demikian, kita memiliki sinyal kuat yang dapat kita gunakan untuk melakukan perubahan dengan cara yang positif. Ketika Anda memasuki bidang penelitian baru, banyak hal yang dapat dibesar-besarkan dan orang-orang dapat membuat banyak klaim. Yang ingin Anda lihat adalah sains yang solid dan baik. Dalam 5-10 tahun ke depan, kita akan menemukan berbagai cara untuk membantu atau menghilangkan penyakit atau mengelola kondisi penyakit berdasarkan mikrobioma.

Spesies Apa yang Memiliki Konotasi Negatif?

Contoh yang paling tepat adalah Clostridium difficile. Bakteri ini merupakan patogen yang sudah dikenal dan jika bakteri ini menguasai usus, bakteri ini dapat merusak banyak hal. Bilophila wadsworthia adalah bakteri yang ditemukan di mikrobioma usus kebanyakan orang dan dalam kondisi tertentu bakteri ini dapat menimbulkan efek negatif. Orang-orang menyebutnya sebagai patogen oportunistik . Dalam kondisi tertentu, suatu organisme dapat bertindak dan kemudian menimbulkan masalah. Sebagian dari hal ini disebabkan oleh subspesies. Kami masih mempelajari lebih lanjut tentang hal ini, setiap minggu ada penelitian tentang organisme tertentu dalam keadaan tertentu yang menimbulkan efek buruk pada usus.

Saya telah menjalani tes tinja yang dianalisis oleh Microba dan hasilnya menarik. Saya hanya memiliki sedikit bifidobacteria dan seluruh bagian metabolitnya sangat menarik. -Kriben Govender

Apa Bagian Metabolit dari Tes Anda?

Hal ini dimungkinkan karena Metagenomik. Kami memiliki cetak biru lengkap sehingga kami dapat memprediksi fungsi apa yang dapat dilakukan oleh organisme. Sebagian dari ini adalah apa yang dapat kami prediksi dari metabolit apa yang mereka hasilkan. Metabolit adalah zat kimia yang digunakan atau diproduksi oleh organisme. Salah satu contohnya adalah GABA ( Asam Gamma-Aminobutyric): ini adalah asam amino yang dimodifikasi. Ini digunakan oleh organisme sebagai sumber makanan. Ini kebetulan menjadi salah satu neurotransmiter utama kita. Itu berarti bahwa organisme dalam usus dapat menghasilkan GABA yang bermanfaat bagi kita. 

Misalnya, beberapa penelitian menunjukkan bahwa tingkat produksi GABA dalam usus berhubungan dengan depresi. Hal ini menunjukkan hubungan antara otak dan usus. Ada banyak lagi metabolit dalam laporan tersebut. Idenya adalah bahwa dari metagenomik Anda memprediksi kemampuan Anda untuk memproduksi metabolit tersebut. Di masa mendatang, kita mungkin dapat membaca profil metabolit saja, bukan DNA.

Apa itu KEGG?

KEGG adalah Ensiklopedia Gen dan Genom Kyoto. Ensiklopedia ini dikembangkan di Jepang dan memberi tahu Anda jalur metabolisme dan sebagian besar gen, tetapi tidak semuanya. Ensiklopedia ini merupakan sumber penting untuk menafsirkan potensi metabolisme organisme. Seiring dengan meningkatnya pemahaman kita tentang metabolisme, kita akan dapat mengidentifikasi lebih banyak puncak dan kita akan mendapatkan gambar dengan resolusi yang lebih tinggi.

Ke Mana Arah Teknologi?

Menganalisis metabolit secara langsung, ini juga akan menurunkan harga hingga 15-20 AUD. Ini akan membawanya ke khalayak yang lebih luas. Saat ini orang mungkin melihat harga 500 AUD dan berpikir itu banyak. Tetapi jika Anda mempertimbangkan bahwa 5 tahun yang lalu biaya 10.000 AUD untuk melakukan hal yang sama, harga itu jauh lebih masuk akal. Biaya menganalisis profil ini akan menjadi lebih murah dan lebih murah (dan jika kita beralih ke metabolit, itu akan menjadi lebih murah!) Saya senang melihat jutaan profil. Setiap kali Anda meningkatkan basis data ini, signifikansi statistik meningkat. Di masa mendatang, dengan cara yang sama Anda melakukan tes kolesterol di dokter, dokter umum Anda juga dapat memperoleh profil mikrobioma usus Anda dan menjadikannya sebagai serangkaian informasi lain tentang kesehatan Anda.

Apakah Ada Algoritma Pembelajaran Mesin yang Digunakan?

Beginilah cara kami menganalisis prediktabilitas kami. Kami dapat memprediksi IBD dengan akurasi 97% dan kami menggunakan pembelajaran mesin untuk membantu hal ini. Ini adalah kumpulan data yang kompleks dan dapat melihat pola yang mungkin tidak dapat kami lihat dengan mata telanjang. Kami menerapkan algoritme, lalu melatihnya, dan kemudian kami memiliki set pengujian. Di sinilah Anda dapat menilai efisiensi pembelajaran mesin. Ia menyukai data dan semakin banyak informasi yang dapat Anda peroleh, semakin baik ia dapat memprediksi berbagai hal.

Haruskah Kita Makan Lebih Banyak Serat Karena Butirat?

Butirat adalah asam lemak rantai pendek yang sangat penting karena berperan bagi kesehatan. Terlalu sedikit tidaklah baik dan terlalu banyak juga tidaklah baik. Jika Anda menjalani tes tinja, Anda bisa mendapatkan rekomendasi tentang apa yang harus Anda makan untuk menambah atau menguranginya. Pertimbangkan untuk menjalani tes lalu berkonsultasilah dengan ahli diet atau ahli gizi untuk memperbaiki pola makan Anda berdasarkan hasil tes! Tes ini juga akan menjadi semakin berguna seiring berjalannya waktu. Setiap kali Anda menjalani tes genom manusia, mereka akan meminta Anda untuk sering memeriksa profil Anda karena mereka selalu memberikan informasi baru. Ini akan sama dengan pengujian profil mikrobioma usus.

Apa Rekomendasi Utama Anda untuk Meningkatkan Kesehatan Usus?

Cara terbaik yang dapat saya lakukan untuk memberi tahu seseorang agar meningkatkan kesehatan usus mereka adalah melalui pola makan. Cobalah tes tinja dan tes tersebut akan memberi Anda informasi spesifik tentang apa yang harus diubah dalam pola makan Anda. Anda mungkin kekurangan sesuatu atau Anda mungkin mengonsumsi sesuatu secara berlebihan. Hal ini berbeda-beda pada setiap orang. Ini adalah penelitian menarik yang dilakukan di Israel: berdasarkan profil Anda, mereka akan memberi Anda pisang atau cokelat. Sebagian besar orang mendapatkan respons yang lebih baik dari pisang, tetapi pada sebagian kecil orang, mereka mendapat manfaat dari cokelat! Hal umum yang dapat dikatakan adalah makan lebih banyak sayuran, yang memang benar, tetapi hal yang menarik adalah ketika Anda mendapatkan profil pribadi, apa yang baik untuk Anda mungkin tidak baik untuk orang lain.

Saya dapat menyarankan Anda untuk makan lebih banyak sayuran, tetapi dengan melengkapi profil Anda, Anda dapat memperoleh informasi yang spesifik. Dalam beberapa tahun mendatang, Anda akan dapat memperoleh suplemen dan rekomendasi diet yang efektif dan sesuai dengan profil spesifik Anda. Ini adalah pengobatan yang dipersonalisasi, saya rasa ini akan semakin populer di tahun-tahun mendatang.

Saya telah mengubah pola makan saya. Saya mengurangi konsumsi daging dan daging olahan. Olahraga itu penting. Salah satu manfaat awal dari mengubah pola makan dan lebih banyak berolahraga adalah kesehatan mental Anda. Dan Anda juga melihat perubahan pada mikrobioma usus Anda. Dalam profil saya, ada beberapa rekomendasi untuk berbagai kelompok makanan yang saya konsumsi dan saya merasa hebat!

Analisis tinja adalah tren masa kini dan masa depan. Tes-tes ini memprediksi IBD, depresi, dan bahkan beberapa kanker dengan biaya yang terjangkau. Dengan setiap tes, Anda juga dapat memilih untuk berkontribusi pada penelitian ilmiah! Ingatlah bahwa setiap individu berbeda dan menjalani tes yang dipersonalisasi adalah cara terbaik untuk menentukan apa yang harus Anda lakukan untuk meningkatkan kesehatan usus Anda. Bagikan ini dengan teman yang akan mendapat manfaat dari informasi ini!